持續存活的病毒會加重COVID-19病情Batra 團隊觀察，某些返回醫院的確診者感染初期 4~5 週後，病毒檢測仍呈陽性，於是團隊開始進行相關研究，分析 2,518 名COVID-19患者，最初確診兩週 42% 患者 PCR 依然呈陽性，甚至 90 多天後 12% 患者呈陽性，269 天後有一名患者陽性。
研究人員表示，即使沒有明顯症狀的COVID-19患者，也會在幾個月乃至更長時間攜帶COVID-19病毒，一些免疫功能低下的患者，這病毒可能一年內都不會被清除。史丹佛大學慢性COVID-19感染試驗，4% COVID-19患者確診 7 個月後，糞便仍有病毒遺傳物質（RNA）。
排出RNA就代表還有病毒持續排出 RNA 意味體內仍有病毒庫，神經學家 Michael VanElzakker 表示，與麻省綜合醫院、哈佛醫學院和塔夫茲大學都有聯繫，這些病毒庫會讓病毒持續存活很長時間，並引起免疫系統行為異常，可能導致Long COVID。
Batra 指出，由於各種原因，一些患者無法清除病毒庫，或免疫系統出現異常反應，最終導致持續症狀，也就是Long COVID，但很多科學家認為，沒有足夠證據把病毒 RNA 持續存活與Long COVID連在一起。
沉睡的病毒多項研究顯示，感染 4 個月後患者腸道、痊癒 100 多天後去世的遺體捐獻者肺部，都發現病毒或病毒遺傳物質，未經同行評審的研究發現，感染 175 天和 462 天患者闌尾和乳房組織都發現病毒。
美國國家衛生研究院未經同行評審的研究發現，COVID-19病毒的遺傳物質在多器官以低程度存活 7 個多月，但血液檢測不到。
人體是病毒儲藏庫東京大學病毒學家 Kei Sato 表示，發現活在人體組織的病毒並不奇怪，研究顯示，人體經常積累病毒，如第四型人類皰疹病毒（Epstein-Barr）、水痘帶狀皰疹病毒和許多處於沉睡狀態的皰疹病毒，這些持續存活的病毒，只有大範圍基因測序能辨識。
這代表證明或駁斥COVID-19病毒持續存活且與Long COVID有關非常複雜，如感染水痘幾十年後，潛伏的帶狀皰疹病毒可能重新驅動，留在人體的COVID-19病毒也可能造成長期健康問題。Henrich 認為病毒潛入深層組織，可能會引起免疫系統失調造成發炎狀態。
VanElzakker 認為，這種狀態證明病毒可能長期存活，且與身體達成不穩定的休戰，儘管如此，但 Geng 認為，把滯留人體的病毒與Long COVID連在一起，還需經廣泛研究，因目前提出的發生機制，還沒有辦法得出強力的結論。